پس از تخریب تعدادی از منازل قدیمی بافت تاریخی شهر یزد در «طرح توسعه امامزاده جعفر» در محله بعثت این شهر، گروهی از مردم و دانشجویان یزد نسبت به این اقدام اعتراض کرده و خواهان توقف هرچه سریع‌تر این تخریب‌ها شدند.
به گزارش خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا)، امیر ترقی‌نژاد روز گذشته با اشاره به تخریب این سه خانه قدیمی در بافت تاریخی یزد گفته هرچند این خانه‌ها در فهرست آثار ملی به ثبت نرسیده بودند، ولی کل بافتی که خانه‌ها در آن قرار دارند، به‌عنوان بافت تاریخی یزد در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.
آقای ترقی نژاد همچنین اعلام کرد دوست‌داران میراث فرهنگی در تهران در حال رایزنی با مشاوران حسن روحانی، رئیس‌جمهور منتخب هستند تا «شاید دست کم از این طریق بتوان از تخریب فاجعه‌بار خانه‌های تاریخی یزد جلوگیری کرد.»
به اعتقاد فعالان میراث فرهنگی، مردم و دانشجویانی که برای جلوگیری از تخریب خانه‌های تاریخی به محله بعثت رفتند، بر این باورند که «طرح توسعه امامزاده جعفر فقط برای ایجاد توقفگاه محلی نیست، بلکه احتمال قبر فروشی نیز در این منطقه وجود دارد.»
«طرح توسعه امامزاده جعفر» شامل حدود چهار هکتار از بافت تاریخی پیرامونی در فاصله بین امامزاده و خیابان قیام یزد است که به‌منظور افزایش صحن امامزاده قرار است تخریب شود.
بر اساس گزارش روزنامه بهار این طرح که از همان ابتدا با مخالفت و واکنش مردم محلی مواجه شده بود، با عدم توافق مالکان و ساکنان بافت تاریخی درباره وقف و فروش، وارد فاز جدیدی شده و به «تهدید و ارعاب» مردم محلی توسط مسئولان کشیده شده است.
طرح جامع امامزاده جعفر به کارفرمایی اداره اوقاف در سال ۱۳۸۸ آغاز شده است.
بر اساس شجرنامه‌ای که در سایت رسمی امامزاده جعفر آمده وی نوه امامزاده ابوجعفر محمد و از نوادگان امام جعفر صادق است. تاریخ احداث بقعه سال ۵۷۵ هجری – قمری و تاریخ بازسازی آن سال ۱۳۵۴ شمسی و مساحت فعلی اعم از زمین و ساختمان آن بیش از ۵۸ هزار مترمربع است.