اعتراضات سال 88 و مباحث بعد از آن به‌ویژه مسئله حصر میرحسین موسی، زهرا رهنورد و مهدی کروبی ازجمله مناقشه آمیزترین مباحث روز ایران است. مبحثی که پرداختن به آن نه‌تنها محل چالش جدی بلکه دربردارنده هزینه‌ای است که اغلب نخبگان سیاسی و تحلیلگران داخلی از پرداختن به آن امتناع می‌ورزند. علی مطهری از محدود چهره‌هایی است که بااینکه در طیف راست سیاسی قرار داده شده اما پرداختن به مسئله حصر را ضرورتی لازم جهت کاهش تنش بین جناح دانسته است. تلاش او در این راستا موقعیت سیاسی‌اش را در بین اصولگرایان بشدت تضعیف کرده و بعید به نظر می‌رسد که بتواند در دوره‌های بعدی صلاحیت لازم را برای کسب کرسی مجلس را از سوی شورا نگهبان کسب نماید.
